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| 京浜東北線・根岸線２０９系９００番台（９０編成） 元９０１系Ａ編成 |
京浜東北線・根岸線２０９系９１０番代（９１編成） 元９０１系Ｂ編成 |
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| 京浜東北線・根岸線２０９系９２０番台（９２編成） 元９０１系Ｃ編成 |
３７３系（ワイドビュー）東海（２００７年３月１８日廃止） 走行区間：東京〜静岡 |
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| 磐越西線４５５系 | ＥＦ６６+１４系 富士・はやぶさ 走行区間：東京〜大分（富士）・熊本（はやぶさ）（門司まで併結） ２００９年３月１４日廃止 |
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| ＥＦ６５+２４系銀河 走行区間：東京〜大阪 ２００８年３月１４日廃止 |
２４系銀河 走行区間：東京〜大阪 ２００８年３月１４日廃止 |
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| １２系浪漫 ２００７年３月４日運用離脱 | １４系ゆとり ２００８年３月９日運用終了。現在は尾久車両センターに留置 |
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| 東北本線４１７系（２００７年７月１日運用終了） | 東北本線７１７系（２００７年１１月１０日運用終了） |
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| 東北本線・常磐線４５５系（２００８年３月２３日運用終了） | ＥＦ８１ ９５+２４系「夢空間・北斗星トレインクルーズ号」（ＥＦ８１ ９５は存続） |
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| ２４系２５型「夢空間」（２００８年３月末をもって運転終了） | 青梅・五日市線２０１系（２００８年３月２６日営業終了。６月２０日廃車） |
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| ０系こだま、ひかり、博多南線特急 走行区間 東京〜博多（こだま、ひかり） 博多〜博多南（博多南線特急） 最高速度：２２０ｋｍ/ｈ（新大阪〜博多） １２０ｋｍ/ｈ（博多〜博多南） （２００８年１１月３０日定期運用離脱） （２００８年１２月１４日運用完全撤退） |
０系こだま、博多南線特急（リニューアル塗装）（2008年6月末営業運転終了） 走行区間：新大阪〜博多（こだま）、博多〜博多南（博多南線特急） 最高速度：２２０ｋｍ/ｈ（新大阪〜博多） １２０ｋｍ/ｈ（博多〜博多南） |
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| ＥＦ６０−１９（やすらぎ塗装） ＥＬ＆ＳＬ奥利根号 （２００７年に特急色に変更） |
京葉線２０１系（非分割編成）（２００９年２月５日廃車） |
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| 東京メトロ有楽町線０７系（２００８年１２月東西線に転属） | ＥＦ５５−１+ＥＦ６４−１００１+１２系 ＥＬ奥利根 （２００９年１月１８日に運用撤退。ＥＦ６４−１００１、１２系は存続） |
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| 京王電鉄６０００系３０番代 （２００９年６月１０日 運用離脱） |
３７３系 ムーンライトながら 走行区間：東京〜大垣 （２００９年３月１４日に３７３系での運用を終了） |
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| ２０１系展望型車両「四季彩（しきさい）」 ２００９年６月２８日定期運用離脱 ２００９年７月２０日運用完全撤退 |
ＥＦ６５+１４系「リゾートトレイン」ムーンライト九州 走行区間：新大阪〜博多 ２００９年７月２２〜２３日廃車（EF６５は存続） |
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| １４系「リゾートトレイン」ムーンライト九州 走行区間：新大阪〜博多 ２００９年７月２２〜２３日廃車 |
京浜東北線２０９系５００番代（２００９年１２月８日、ウラ８０編成が 中央・総武緩行線へ転属。ウラ８１〜８４編成は京葉線へ転属） |
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| 常磐緩行線２０７系９００番代（１２月５日運用完全撤退。 ２０１０年１月５日廃車） |
京浜東北線・根岸線２０９系量産車（２０１０年１月２５日運用撤退） |
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| 京浜東北線・根岸線２０９系（運用番号ＬＥＤ車） （２０１０年１月２２日運用撤退） |
ＥＦ６４+１４系北陸 走行区間：上野〜金沢（２０１０年３月１３日廃止） |
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| ４８９系急行「能登」 走行区間：上野〜金沢（２０１０年３月１３日４８９系での運用を終了） |
４００系つばさ、なすの 走行区間：東京〜山形・新庄（つばさ） 東京〜小山・那須塩原（なすの） 最高速度２４０ｋｍ/ｈ、１３０ｋｍ/ｈ（在来線区間・福島〜新庄間） （２０１０年４月１８日運用完全撤退） |
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| Ｅ９５４型 「ＦＡＳＴＥＣＨ（ファステック）３６０Ｓ」 （２００９年９月７日廃車） |
ＥＦ８１型+２４系札幌車+２４系尾久車 北斗星 走行区間：上野〜札幌（ＥＦ８１型の牽引区間は上野〜青森信号所） （２０１０年７月１５日をもってＥＦ８１での牽引運用を終了） |
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| ＥＦ８１型５００番代+Ｅ２６系「カシオペア」 走行区間：上野〜札幌（ＥＦ８１型の牽引区間は上野〜青森） （２０１０年６月２４日をもってＥＦ８１型での牽引運用を終了） |
２５３系成田エクスプレス 走行区間：大船・横浜・大宮・高尾・新宿・池袋・品川〜成田空港 （２０１０年６月３０日をもって２５３系での運用を終了） |
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| ４８９系ホームライナー鴻巣 走行区間：上野→鴻巣 （２０１０年３月１３日をもって４８９系での運用を終了） |
中央本線・青梅線２０１系 （２０１０年１０月１７日運用完全撤退） |
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| １８５系２００番台おはようとちぎ 走行区間：黒磯→新宿 ２０１０年１２月３日廃止 |
１８５系２００番台ホームタウンとちぎ 走行区間：新宿→黒磯 ２０１０年１２月３日廃止 |
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| ４８５系かもしか 走行区間：青森〜秋田 ２０１０年１２月３日廃止 |
キハ１８１系はまかぜ 走行区間：大阪〜香住・浜坂・鳥取 ２０１０年１１月６日、キハ１８１系での運用を終了 |
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| ４８５系日光・きぬがわ 走行区間：新宿〜東武日光（日光）・鬼怒川温泉（きぬがわ） （2011年6月3日をもって運用離脱） |
１８９系「彩野（あやの）」 走行区間：新宿〜東武日光 （2011年6月3日をもって運用離脱） |
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| １８９系「彩野（あやの）」 走行区間：新宿〜鬼怒川温泉 （2011年6月3日をもって運用離脱） |
485系「やまなみ」 （2010年12月に運転終了） |
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| 485系「せせらぎ」 （2010年1月運転終了） |
JR東海113系（2007年12月廃車） |
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| 京葉線201系（分割編成） 2011年6月20日運用離脱。2011年6月23日廃車 |
総武本線、内房線、外房線、東金線、成田線１１３系 （2011年9月26日運用終了。2011年10月15日廃車） |
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| 常磐緩行線２０３系（2011年9月26日運用終了） | 都電荒川線7500型（2011年3月13日運用終了） |
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| 都電荒川線花100形（2011年10月1日〜10月30日の期間運行） | 都電荒川線7500形（阪堺電気軌道塗装。2011年3月13日運用終了） |
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| 小田急電鉄10000型HiSE（2012年3月16日運転終了） | 小田急電鉄20000型RSE（2012年3月16日運転終了） |
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| ＥＦ８１型+２４系日本海 走行区間：大阪〜青森（2012年3月16日をもって定期運用を終了） |
４８５系雷鳥（パノラマ型車両） 走行区間：大阪〜金沢 |
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| ４８５系雷鳥 走行区間：大阪〜金沢 |
１８３系２００、６００、７００、８００番代北近畿 走行区間：新大阪〜福知山・豊岡・城崎温泉 （2011年3月16日「こうのとり」に改称。） |
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| １８３系２００、６００、７００、８００番代文殊 走行区間：新大阪〜天橋立（2011年3月16日廃止） |
100系こだま、ひかり（2003年9月16日運用終了）、博多南線特急 走行区間：東京〜博多（東京〜新大阪間は2003年9月16日運用終了。 新大阪〜岡山間は2011年3月11日に運用終了。 2012年3月16日運用完全撤退） 最高速度：220km/h |
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| 100系（リニューアル編成）こだま、ひかり、博多南線特急 走行区間：新大阪〜博多（新大阪〜岡山間は2011年3月11日運用終了。 2012年3月16日運用完全撤退） 最高速度：220km/h |
３００系のぞみ・ひかり・こだま 走行区間：東京〜博多 最高速度：２７０ｋｍ/ｈ （2012年3月16日運用終了） |
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| ５００系W編成のぞみ・ひかり・こだま 走行区間：東京〜博多 最高速度：２７０ｋｍ/ｈ（東海道区間）、３００ｋｍ/ｈ（山陽区間） （2010年2月28日運用完全撤退） |
京葉線205系 2011年9月30日運用離脱 |
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| 京葉線２０５系（山手・総武・埼京転属車） 2011年9月30日運用離脱 |
東京メトロ有楽町線7000系（ゴールド帯車） 改造工事に伴い2010年5月にゴールド帯車は消滅 |
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| 東海道本線、伊東線、御殿場線２１１系０番代 （2012年4月23日定期運用離脱） |
総武快速線・横須賀線・外房線・内房線・成田線・総武本線E217系（非更新車） （2012年6月20日未更新車は消滅） |
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| Ｅ１系とき・たにがわ 走行区間：東京〜新潟（Maxとき）・越後湯沢（Maxたにがわ） 最高速度：240km/h （2012年9月29日運行終了） |
４８５系あかべぇ塗装（2011年春消滅） |
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| E653系フレッシュひたち 走行区間：上野〜土浦・勝田・高萩・いわき （2013年3月16日定期運用終了） |
651系スーパーひたち・フレッシュひたち 走行区間：上野〜勝田（フレッシュひたち） 上野〜いわき（スーパーひたち） （2013年3月16日定期運用終了） |
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| 200系リニューアル車とき・たにがわ 走行区間：東京〜新潟（とき）・越後湯沢（たにがわ） 最高速度240km/h |
200系リニューアル車（原色編成）とき・たにがわ 走行区間：東京〜新潟（とき）・越後湯沢（たにがわ） 最高速度240km/h |
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| 総武本線、成田線２１１系 |